Der Krieg hat längst auch Schweinfurt erreicht. Luftangriffe der Alliierten setzen den deutschen Infrastrukturbetrieben, besonders der Schwerindustrie rund um Munition-, Kugellager- und Motorenproduktion, schwer zu. Man beschließt einzelne Bereiche auszulagern und das möglichst unter dem Radar der Alliierten. Für Fichtel & Sachs kommt es daher gelegen, dass man mit der Marke Rotax ein Unternehmen besitzt, das vorrangig durch die Herstellung von Fahrradteilen Bekanntheit erlangt hat. Für die Errichtung der Rotax-Werk AG wird 1943 der Standort Wels auserkoren, wo man an der Betriebsstätte der vonseiten des nationalsozialistischen Regimes in Misskredit geratenen Reformwerke, Bauer & Co., erstmals wieder aktiv in die Produktion von Komponenten einsteigt. Ausgerüstet mit einem Grundkapital von 360.000 Reichsmark, einer Betriebsstätte und überdurchschnittlich vielen Arbeitskräften nimmt man die Fertigung von Stationärmotoren auf.

Nach außen hin eigenständig, bleibt die innere Abhängigkeit zum Mutterkonzern aber bestehen. Auch wenn der Rotax-Werk AG ein Sonderstatus zuteilwird. Die Motorenproduktion wird wirtschaftlich so bedeutend, dass Fichtel & Sachs die Produktionszweige der 75-160 ccm nach Wels auslagert. Gleichzeitig spielt man in der Kriegsplanung eine immer wesentlichere Rolle, so dass zeitweise täglich an das Rüstungskommando berichtet wird. Der Sonderstatus der Rotax-Werke spiegelt sich aber auch in der Belegschaft wider. 700 Mitarbeiter zählen die Werke, darunter Kriegsgefangene und ausländische Zivilarbeiter.

Die Krisenjahre der 1930er machen auch im oberösterreichischen Wels nicht Halt. Hohe Arbeitslosigkeit und der damit einhergehende niedrige Konsum machen auch den Industriebetrieben zu schaffen, auch die aggressive Wirtschaftspolitik Deutschlands im Vorfeld des Anschlusses ist zu spüren. Viele Betriebe schließen, alle müssen Rückgänge in Umsatz und im Belegschaftsstand in Kauf nehmen.

Nach dem „Anschluss“ kehrt etwas Optimismus ein, erwartet man sich doch neue Chancen am Markt. Schon bald ist aber klar: In der Kriegsplanung spielt nur die relevante Schwerindustrie eine tragende Rolle. Was auf diesem Wege nicht wirtschaftlich in die Knie gezwungen wird, wird politisch und gesellschaftlich angegriffen. Die NS-Enteignungen entreißen jüdischen und dem Regime unliebsamen Unternehmern ihre Betriebe. Auch die Reformwerke, Bauer & Co, die später als neuer Standort der nach Wels umgezogenen Rotax-Werk AG dienen sollen, werden rigoros durch Schikanen, Anfeindungen und persönliche Fehden der Leitung von NS-Verantwortlichen unterstellt. Am 25. August 1944 erfolgt die Eintragung des neuen Firmensitzes der Rotax-Werk AG in das Handelsregister Wels. Zuerst unbehelligt zieht sich der Kreis alliierter Luftangriffe 1944 immer enger und auch Wels wird verstärkt bombardiert. Lange schafft man es die Rohstoffversorgung aufrecht zu erhalten, zu wichtig ist die Rotax-Produktion für die Kriegsplanung.