Der Krieg hat längst auch Schweinfurt erreicht. Luftangriffe der Alliierten setzen den deutschen Infrastrukturbetrieben, besonders der Schwerindustrie rund um Munition-, Kugellager- und Motorenproduktion, schwer zu. Man beschließt einzelne Bereiche auszulagern und das möglichst unter dem Radar der Alliierten. Für Fichtel & Sachs kommt es daher gelegen, dass man mit der Marke Rotax ein Unternehmen besitzt, das vorrangig durch die Herstellung von Fahrradteilen Bekanntheit erlangt hat. Für die Errichtung der Rotax-Werk AG wird 1943 der Standort Wels auserkoren, wo man an der Betriebsstätte der vonseiten des nationalsozialistischen Regimes in Misskredit geratenen Reformwerke, Bauer & Co., erstmals wieder aktiv in die Produktion von Komponenten einsteigt. Ausgerüstet mit einem Grundkapital von 360.000 Reichsmark, einer Betriebsstätte und überdurchschnittlich vielen Arbeitskräften nimmt man die Fertigung von Stationärmotoren auf.
Nach außen hin eigenständig, bleibt die innere Abhängigkeit zum Mutterkonzern aber bestehen. Auch wenn der Rotax-Werk AG ein Sonderstatus zuteilwird. Die Motorenproduktion wird wirtschaftlich so bedeutend, dass Fichtel & Sachs die Produktionszweige der 75-160 ccm nach Wels auslagert. Gleichzeitig spielt man in der Kriegsplanung eine immer wesentlichere Rolle, so dass zeitweise täglich an das Rüstungskommando berichtet wird. Der Sonderstatus der Rotax-Werke spiegelt sich aber auch in der Belegschaft wider. 700 Mitarbeiter zählen die Werke, darunter Kriegsgefangene und ausländische Zivilarbeiter.